Mezi doklady zvoleného typu (objednávky přijaté a vydané, faktury přijaté a vydané, bankovní doklady, skladové příjemky a výdejky) v flexibee dokáže vybrat doklady odpovídající určeným podmínkám (datum vystavení, forma dopravy a úhrady, štítky, číslo poptávky, stav objednávky a další) a tyto doklady následně upravit (přidání či odebrání štítku, nastavení stavu objednávky či odeslání, odeslání e-mailu, nastavení řádku DPH, řádku kontrolního hlášení, předpisu zaúčtování, střediska či činnosti, uhrazení pokladnou, stornování či smazání dokladu), popř. změny provést na navázaném dokladu.

Při odesílání e-mailů může být využita služba mailer.

Zpracování může být vyvolané automaticky každou hodinu nebo webhookem.