Mezi doklady zvoleného typu (objednávky přijaté a vydané, faktury přijaté a vydané, bankovní doklady, skladové příjemky a výdejky) v flexibee dokáže vybrat doklady odpovídající určeným podmínkám (datum vystavení, forma dopravy a úhrady, štítky, číslo poptávky, stav objednávky a další) a tyto doklady následně upravit (přidání či odebrání štítku, nastavení stavu objednávky či odeslání, odeslání e-mailu, nastavení řádku DPH, řádku kontrolního hlášení, předpisu zaúčtování, střediska či činnosti, uhrazení pokladnou, stornování či smazání dokladu), popř. změny provést na navázaném dokladu.

Zpracování může být vyvolané automaticky každou hodinu nebo webhookem.